Στη ΣΙ λειτουργεί το Τμήμα Αεροπορικών Επιστημών (ΤΑΕΠ) με τις ακόλουθες Κατευθύνσεις: (α) Ιπταμένων, (β) Μηχανικών, (γ) Ελεγκτών Αεράμυνας, (δ) Έρευνας Πληροφορικής, (ε) Διοικητικών, (στ) Εφοδιαστών, (ζ) Μετεωρολόγων. Είναι δυνατή η ίδρυση, λειτουργία, μετονομασία ή κατάργηση νέων Κατευθύνσεων στο ΤΑΕΠ, σύμφωνα με τον Ν. 3187/2003.
Η Κατεύθυνση μετά το 1ο ή το 2ο έτος δύναται να παρέχει Ειδικεύσεις με κατάλληλο ΠΣ, οι οποίες άπτονται αναγνωρισμένου επιστημονικού αντικειμένου. Με απόφαση του ΑΑΣ δημιουργούνται ή καταργούνται Ειδικεύσεις, ανάλογα με τις ανάγκες της ΠΑ. Η ποσοτική κατανομή των Ικάρων κάθε σειράς σε συγκεκριμένη Ειδίκευση καθορίζεται από το ΑΑΣ σύμφωνα με τις εκάστοτε ανάγκες της ΠΑ. Η ονομαστική κατανομή και ένταξη των Ικάρων στις Ειδικεύσεις γίνεται με πρωταρχικό κριτήριο την επιθυμία. Σε περίπτωση που οι επιθυμούντες υπερβαίνουν τις διαθέσιμες θέσεις ανά Ειδίκευση, κριτήριο επιλογής αποτελεί η σειρά αρχαιότητας.
Οι Ίκαροι της Κατεύθυνσης Ιπταμένων δύνανται να μετατάσσονται είτε στην Κατεύθυνση Ελεγκτών Αεράμυνας είτε σε άλλη Κατεύθυνση, σύμφωνα με τον Ν. 3187/2003 και τα οριζόμενα στον Οργανισμό της ΣΙ. Η Κατεύθυνση Μηχανικών, μετά την ολοκλήρωση του 1ου έτους σπουδών, παρέχει τρείς Ειδικεύσεις: Μηχανικοί Αεροσκαφών, Μηχανικοί Τηλεπικοινωνιών – Ηλεκτρονικών και Μηχανικοί Αεροπορικών Εγκαταστάσεων.
